Imperio incaico
Aunque aún se carece de evidencia que indique que el Imperio incaico haya ocupado el territorio de la actual ciudad, en las cercanías del noroeste se tiene registros etnohistóricos de asentamientos incas. Según Catalina Michieli, en el valle de Huentota existían "tierras del Inca". Salvador Canals Frau reporta la existencia de un fuerte incaico, el cual se habría emplazado en las comarcas de Guaymallén. Asimismo, también se hicieron múltiples alusiones a un "Cerrillo fuerte del Inca", ubicado en una zona montañosa en el límite entre San Juan y Mendoza, el cual habría servido como llacta para administrar los territorios circundantes.
Fundación y conquista
Plaza Pedro del Castillo. Uno de los icónicos sitios que se ubica dentro del Área Fundacional de Mendoza.
Traza de la segunda fundación de Mendoza, 1562
En 1551, enviado por el gobernador y capitán general de Chile, Pedro de Valdivia, Francisco de Villagra es el primer español en explorar la región cuyana, al mando de ciento ochenta hombres. El descubridor se relacionó de buena manera con los indios huarpes, y habiendo pasado el invierno junto a ellos, regresó a Chile. Muerto Valdivia, y a poco de haber sido destituido el propio Villagra como gobernador de Chile, el nuevo gobernador, García Hurtado de Mendoza, hijo del Virrey de Perú Andrés Hurtado de Mendoza, encomendó al capitán Pedro del Castillo para que fundara y poblara Cuyo. El 22 de febrero de 1561, Pedro del Castillo llegó al valle de Huentota, y tomó posesión de la comarca enarbolando el estandarte real. Entre dos tormentas de arena fundó la nueva Ciudad, el 2 de marzo, denominándola Ciudad de Mendoza del Nuevo Valle de La Rioja. La ubicación inicial de Mendoza se situaba en lo que actualmente se conoce como La Media Luna en el Distrito de Pedro Molina, ubicado en el Departamento de Guaymallén, sobre la margen este del canal conocido actualmente como Cacique Guaymallén. La ciudad quedó bajo jurisdicción de Reino de Chile, aunque formaba parte del Virreinato del Perú. El 28 de marzo de 1562, fue trasladada a una distancia de dos tiros de arcabuz hacia el oeste del punto de la fundación realizada por Pedro del Castillo, situándose el nuevo emplazamiento unos 100 metros al oeste del canal Cacique Guaymallén, en la posición actual de la plaza Pedro del Castillo. Mediante este operativo a cargo de Juan Jufré, este también se adjudicó el honor y el derecho a los premios monetarios de fundador de ciudades que ya habían sido cobrados por Pedro del Castillo en la fundación original. La ciudad de Mendoza, Área Fundacional, Antigua Plaza Principal y cabildo, litografía: A. Goering, 1858. La ciudad conservó relaciones amistosas con los pueblos originarios que habitaban en la zona antes de la fundación, que ya habían recibido como amigo a Villagra en 1551, como los huarpes, quienes según algunas fuentes no fueron sometidos ni exterminados por la Conquista española, sino que simplemente se mestizaron e integraron con la población inmigrante española. Otras fuentes, sin embargo, indican que muchos huarpes fueron enviados bajo el sistema de encomiendas a Chile y que se explotó de ellos en modo similar a muchos otros pueblos conquistados.
Fundó esta ciudad el general Juan Jufré, vecino de la ciudad de Santiago de Chile, por orden de don García de Mendoza, que es agora Marqués de Cañete, y fue Visorrey destos reinos, que hemos tratado, en una provincia llamada Cuyo; no pasó mucho trabajo, ni hubo batallas con los indios para reducirlos, porque ellos mismos vinieron a Santiago de Chile a pedir a don García de Mendoza les enviase españoles y sacerdotes porque querían ser cristianos.
Fray Reginaldo de Lizárraga, 1606
Virreinato y colonia
Fuente de los Continentes, en el Parque General San Martín
El motivo para la creación de la ciudad fue la necesidad de establecer un punto cercano como estación de paso para cruzar la Cordillera de los Andes en el camino comercial que iba desde el Río de la Plata hasta Santiago de Chile. Mendoza era una ciudad de descanso o invernada para el tráfico comercial y por ello en la época colonial era una ciudad importante. Según algunos historiadores, la ciudad era la segunda en tamaño dentro del país en la época de creación del Virreinato del Río de la Plata a fines del siglo xviii. Al unirse la ruta de caravanas desde las ciudades de Buenos Aires y San Luis y siendo este camino de mejor y más fácil acceso que el complicado camino a través de los Andes hacia Chile, en 1776, al crearse el Virreinato del Río de la Plata Mendoza y también el resto de Cuyo fueron segregados de la Capitanía General de Chile y fueron asignados al nuevo virreinato. Entre 1782 y 1783, por cédula real, Mendoza se convirtió en la cabecera de la Intendencia de Cuyo pero luego de disolverse dicha unidad política, pasó a integrar junto con el resto de Cuyo la Intendencia de Córdoba del Tucumán Luego de la caída del Virrey Cisneros, y al llegar las noticias de la formación de la Primera Junta de Gobierno, los notables de la ciudad reunidos en el Cabildo local, decidieron adherir a la causa y enviaron congresales a lo que luego se conoció como Junta Grande.
Independencia y anarquía
El Segundo Triunvirato en 1813 decretó que la Provincia de Mendoza, junto con San Juan y San Luis formaran la Intendencia de Cuyo, con cabecera en la ciudad de Mendoza y formada por tres subdelegaciones o partidos. Entre 1814 y 1817 Mendoza fue el punto donde se preparó el Cruce de los Andes liderado por el general don José Francisco de San Martín, quien había sido nombrado gobernador-intendente de Cuyo y que contó con la colaboración activa de miles de mendocinos y cuyanos, incluyendo a las Patricias Mendocinas. Además de su labor militar, el general no descuidó su actividad como administrador de la ciudad dejando obras que perduran hasta la fecha, como el paseo de la Alameda y la fundación de la biblioteca pública que hoy en día lleva su nombre.
La organización y los preparativos para iniciar la expedición del Ejército de los Andes se realizó en la localidad de El Plumerillo, en las afueras de la ciudad, de la cual partieron el 6 de enero de 1817.
El 1 de marzo de 1820 se firmó el acta por la que Mendoza, San Luis y San Juan rompían los vínculos que los unían a la Intendencia de Cuyo adquiriendo soberanía como estados provinciales independientes.
